Kategorier
Forskning Interactive HPC Supercomputing

Ny national supercomputerkapacitet tilgængelig via UCloud 

Et nyindviet supercomputeranlæg udvider adgangen til avancerede beregningsressourcer for forskere og studerende i hele Danmark via UCloud.

Et nyt supercomputeranlæg er blevet indviet på Alsion i Sønderborg og markerer en vigtig udvidelse af Danmarks digitale forskningsinfrastruktur. Systemet, der har fået navnet Bitten, skal understøtte forskning og undervisning inden for blandt andet kunstig intelligens, dataanalyse og avancerede beregninger – og bliver tilgængeligt for brugere over hele landet gennem UCloud.

Ved at tilbyde adgang via UCloud bliver systemet tilgængeligt i et velkendt miljø, som allerede anvendes af tusindvis af forskere og studerende. Brugerne kan få adgang til avancerede beregningsressourcer direkte gennem en browserbaseret grænseflade, hvor værktøjer og applikationer vælges på samme måde som i en app store – uden behov for at håndtere eller forstå den underliggende infrastruktur. Det sænker adgangsbarrieren markant og gør højtydende computing tilgængelig ikke kun for specialister, men på tværs af fagområder.

Den nye løsning forenkler samtidig brugeroplevelsen. Infrastruktur, som tidligere var fordelt på flere lokationer, er nu samlet i ét datacenter, hvilket gør det lettere at navigere i og arbejde med beregningsressourcerne.

Udvider adgangen til avanceret computing 

Tilføjelsen af ny supercomputerkapacitet øger både, hvad forskere kan gøre – og hvem der kan gøre det. Ved at fjerne tekniske og praktiske barrierer gør platformen det muligt for flere forskere og studerende at arbejde med store datamængder, avancerede modeller og beregningsmetoder. Det accelererer vejen fra idé til indsigt og fra forskning til anvendelse i praksis.

Lige så vigtigt er det, at dette sker inden for en dansk digital infrastruktur, hvor data, software og beregninger forbliver under national kontrol. Efterhånden som afhængigheden af store datamængder og kunstig intelligens vokser, bliver spørgsmål om datastyring, sikkerhed og kontrol stadig mere centrale – ikke kun fra et teknisk perspektiv, men også som en strategisk prioritet for forskning og innovation.

”Adgang til regnekraft er kun en del af ligningen,” siger professor Claudio Pica, direktør for SDU eScience Center og repræsentant for konsortiet bag UCloud. ”Det er mindst lige så vigtigt, at forskere kan arbejde i et betroet miljø, hvor data og arbejdsgange forbliver under national kontrol. UCloud gør det muligt at kombinere avanceret computing med netop den grad af tillid og gennemsigtighed.” 

En fælles platform for forskning og innovation

UCloud anvendes allerede bredt på danske universiteter og understøtter en lang række fagområder og anvendelser. Platformen har nu mere end 23.000 brugere på tværs af forskningsfelter. Med tilføjelsen af nye højtydende ressourcer fortsætter platformen med at udvikle sig for at imødekomme de voksende behov inden for forskning og uddannelse.

Platformen understøtter også startups og spinout-virksomheder ved at give adgang til avanceret AI og dataanalyse, hvilket forbedrer mulighederne for at udvikle, teste og skalere nye løsninger. På den måde bidrager infrastrukturen ikke kun til forskning, men også bredere til innovation og konkurrenceevne.

UCloud udvikles og drives i tæt samarbejde mellem partnerne i Interactive HPC Konsortiet, som består af Syddansk Universitet, Aarhus Universitet og Aalborg Universitet. Det afspejler en langsigtet fælles indsats blandt danske universiteter for at opbygge en delt digital forskningsinfrastruktur.

Del af en bredere national indsats

Det nye supercomputeranlæg, Bitten, er en del af Danmarks nationale forskningsinfrastruktur og afspejler et løbende samarbejde mellem universiteter, industri og teknologileverandører. Adgangen via UCloud spiller en central rolle i at sikre, at denne investering kommer en bred brugergruppe i hele landet til gavn.

Anlægget er samtidig designet med fokus på energieffektivitet. Systemet er udviklet i samarbejde mellem SDU, Danfoss og HPE og anvender avanceret væskekøling med fuld varmegenvinding, så overskudsvarme kan genbruges i det lokale fjernvarmesystem. Dermed bliver anlægget et eksempel på, hvordan digital infrastruktur aktivt kan understøtte energisystemet – ved at ændre datacentre fra rene energiforbrugere til integrerede og værdiskabende dele af lokal infrastruktur.

Kategorier
Applikation Interactive HPC Supercomputing UCloud

OMERO nu tilgængelig via UCloud

Et kraftfuldt værktøj til billeddatastyring i biologi og sundhedsvidenskab

DeiC Interactive HPC – UCloud Konsortiet introducerer OMERO på UCloud. OMERO er et robust open source-system til billeddatastyring, skræddersyet til biologisk forskning og sundhedsvidenskab. Systemet er designet til at håndtere store mængder mikroskopibilleder og deres tilhørende metadata og giver forskere mulighed for at lagre, organisere, visualisere og analysere billeddata med præcision og lethed.

Hvad er OMERO? 

OMERO (Open Microscopy Environment Remote Objects) er en omfattende løsning til styring af billeddata inden for biologi og sundhedsvidenskab. Uanset om du arbejder med digital patologi, cellebiologi eller andre billedintensive felter, giver OMERO et sikkert lager, der understøtter dine forskningsarbejdsgange.

”De mikroskopiske billeder, som biologer og sundhedsvidenskabsfolk typisk arbejder med, har mange pixels og kan være ekstremt tunge. Med Omero på UCloud har man ikke blot mulighed for at gemme sine billeder på UCloud, men man kan også oprette lagringsgrupper og give forskellige tilladelser. Det er ekstremt nyttigt for store projekter, hvor PI’en kan opdele billeder i mindre grupper eller projekter og se statistik over, hvordan hvert projekt skrider frem,” siger Dr. Federica Lo Verso, computational scientist ved SDU eScience Center’s forskningssupportteam. Federica har været udvikleren med ansvar for at implementere OMERO-appen på UCloud.

Centrale funktioner i OMERO 

  • Billedhåndtering
    OMERO fungerer som et sikkert lager for forskellige billeddatasæt, hvilket sikrer, at dine data er organiserede og tilgængelige fra hvor som helst.
  • Understøttelse af flere formater
    Drevet af Bio-Formats understøtter OMERO mere end 150 proprietære og open source-billedformater, hvilket gør det til et alsidigt valg for laboratorier med forskellige billedteknologier.
  • Sikkert samarbejde
    OMERO indeholder robuste tilladelseskontroller, der muliggør sikker deling og samarbejde på tværs af teams og institutioner.
  • Datavisualisering og analyse
    Indbyggede værktøjer gør det muligt for brugerne at vise, annotere og udforske billeddata interaktivt, hvilket styrker fortolkning og indsigt.
  • Publiceringsværktøjer
    OMERO.figure forenkler oprettelsen af højtkvalitetsfigurer til præsentationer og publikationer direkte fra dine billeddatasæt.
Image source

Hvorfor bruge OMERO på UCloud?

Implementeringen af OMERO på UCloud giver væsentlige fordele:

  • Skalerbare lagringsressourcer
    UCloud giver adgang til enorme og fleksible lagringsmuligheder, ideelle til de store datasæt, der er typiske i biologisk billeddannelse.
  • Egnet til følsomme data
    UClouds sikre arkitektur gør det velegnet til håndtering af følsomme eller fortrolige forskningsdata og sikrer overholdelse af databeskyttelsesregler.
  • Integreret forskningsmiljø
    OMERO på UCloud integreres problemfrit med andre værktøjer og tjenester og understøtter samarbejdende og reproducerbar forskning.
  • Tilgængelighed og ydeevne
    Med UClouds højtydende infrastruktur kan forskere få adgang til og behandle deres data effektivt fra hvor som helst.

Uanset om du administrerer terabytes af mikroskopibilleder eller forbereder figurer til din næste publikation, er OMERO på UCloud en game-changer for biologisk forskning. Begynd at udforske dets muligheder i dag og løft din datastyringsarbejdsgang til et nyt niveau.

Kategorier
UCloud Undervisning Vejledning Webinarer og vejledninger - video Workshop

Webinaroptagelse: Introduction to hosting courses on UCloud

I denne video introducerer vi den nye UCloud Courses-app – et værktøj til at hoste og administrere universitetskurser i UCloud.

Dr. Federica Lo Verso guider dig igennem appens koncept og baggrund.
Du får en praktisk demonstration af, hvordan du tilgår og bruger værktøjet, udforsker dets integration med GitHub, og hører direkte fra Dr. Himanshu Khandelia, som deler sine erfaringer med at bruge UCloud Courses i virkelige undervisningssituationer.

Vi guider dig også gennem ansøgningsprocessen, viser dig de tekniske og økonomiske krav og giver dig en forsmag på et kommende praktisk kursus.

Tidskoder:

00:00 – Introduktion ved Dr. Federica Lo Verso
01:23 – Baggrund: Lanceringen af den nye UCloud Courses-app
04:12 – Gennemgang: Hvor du finder Courses-appen, og hvordan du bruger den
07:00 – Opsummering af demonstrationen af UCloud Courses-appen
07:56 – Gennemgang: Sådan fungerer GitHub-repositoriet
10:07 – Fordele ved at bruge Courses på UCloud
11:12 – Introduktion til brugsscenarie: Dr. Himanshu Khandelia
11:58 – Dr. Khandelia deler sine erfaringer med at bruge UCloud Courses
14:00 – Live-demo: Dr. Khandelia viser sin brug af Courses og GitHub-integration
23:00 – Sådan ansøger du: Ansøgningsprocessen for UCloud Courses
24:21 – Påkrævede ressourcer til at køre et UCloud-kursus
25:28 – Sådan genbruger og opdaterer du eksisterende UCloud Courses
26:20 – Økonomisk model: Omkostninger og tilgængelig støtte
27:12 – Outro og teaser til det kommende praktiske kursus

Kategorier
Applikation Supercomputing UCloud

Ny app: Administrer dit næste arrangement med Indico

Indico er en robust open source-platform til eventplanlægning, arkivering og samarbejde – ideel til håndtering af konferencer, workshops og videnskabelige møder.

Nøglefunktioner inkluderer:

  • Eventstyring: Indico gør det muligt at organisere en bred vifte af arrangementer, lige fra små seminarer til store konferencer. Det understøtter hele arrangementets livscyklus, inklusive tilmelding samt indsendelse af abstracts og endelige artikler.Hierarkisk beskyttelse: Indico anvender et hierarkisk beskyttelsessystem, der muliggør forskellige roller og adgangsniveauer inden for arrangementerne.
  • Integration med samarbejdsværktøjer: Indico integrerer problemfrit med værktøjer som Zoom og øger produktiviteten i webbaserede møder.
  • Dokumenthåndtering: Indico gør det nemt at uploade og tilgå præsentationer, artikler og andre dokumenter.

Indico er nu implementeret på UCloud og klar til brug for alle UCloud-brugere.

Du kan finde flere oplysninger i UClouds dokumentation for appen

Kategorier
Applikation Interactive HPC Supercomputing

Ny app: Apache Kafka 

Brugere af DeiC Interactive HPC – UCloud kan nu få adgang til Apache Kafka, en højtydende event-streaming platform designet til at håndtere realtidsdata i stor skala.

Kafka-implementeringer på UCloud understøtter multi-node konfigurationer, hvilket muliggør produktionsklar distribueret logging, stream-behandling, dataintegration og publish/subscribe messaging systemer.

Studerende og forskere kan bruge Apache Kafka til at indsamle, behandle og analysere store mængder realtidsdata – for eksempel streamingdata fra laboratoriets sensorer, sociale medier eller webklikstrømme. Det er især nyttigt til at bygge datapipelines i projekter, der involverer maskinlæring, IoT eller realtidsanalyse, og muliggør reproducerbare og skalerbare forskningsarbejdsgange.

For flere detaljer om Apache Kafka-applikationen, besøg UCloud docs for den fulde dokumentation. 

Kategorier
Interactive HPC Supercomputing UCloud Workshop

Workshops om AI applikationer

Join us for three new and free online workshops to explore how these tools can transform your work. Discover AI Applications on DeiC Interactive HPC – UCloud

Workshop 1:

Transcribing and editing audio transcriptions with Transcriber and Speech Analyzer apps

Date: 22 May 2025

Time: 13:00 – 15:00 (CET)

Location: Online, via Zoom (link TBA)

Join us for a hands-on workshop where we guide you through the complete pipeline of transcribing audio files from speech to text and editing and classifying transcription segments.

In this session, you’ll learn how to:

  • Use Transcriber for transcribing audio/video files. Transcriber is based on Open AI’s Whisper language model. The app can transcribe speech audio to text in various formats and uses the WhisperX package to perform speaker recognition.
  • Navigate the new, simple, drag and drop Transcriber user interface to make it easier for you to use AI to transcribe audio files.
  • Edit and classify the transcriptions with Speech Analyzer. Speech Analyzer is an application built on top of Label Studio, specifically optimized for dialogue analysis. It enables you to label, edit, and annotate transcriptions generated using Transcriber.
  • Perform a comprehensive dialogue analysis on UCloud involving transcribing audio files using Transcriber, followed by transcription analysis with Speech Analyzer.

All workflows will be executed inside a UCloud project environment with access to GPU resources.

Target audience: Researchers across all Departments, particularly Digital Humanities and Social Science, Students, AI interested.

Technical Level: Basic to Intermediate.

Sign up for this workshop

Workshop 2:

ChatUI and CVAT pipelines

Date: 27 May 2025

Time: 13:00 – 15:00 (CET)

Location: Online, via Zoom (link TBA)

Join us for a hands-on workshop where we guide you through two different AI based workflows, involving ChatUI and CVAT apps.

In this session, you’ll learn how to:

  • Use Chat UI as a flexible interface for hosting of various LLM models, and interact via a chat or API environment.
  • Use ChatUI for semantic search in a knowledge base.
  • Use CVAT as a powerful annotation tool, including image classification, object detection, semantic and instance segmentation, and video / 3D annotations.
  • Use advanced CVAT features including auto-annotation, algorithmic assistance, management and analytics.

All workflows will be executed inside a UCloud project environment with access to GPU resources.

Target audience: Researchers across all fields, particularly transport, robotics, digital humanities, social sciences, machine learning and students.

Technical Level: Basic to Intermediate.

Sign up for this workshop

Workshop 3:

Fine-Tuning and Deploying  Large Language Models with NeMo Framework and Triton Inference Server

Date: 28 May 2025

Time: 13:00 – 15:00 (CET)

Location: Online, via Zoom (link TBA)

Join us for a hands-on workshop where we guide you through the complete pipeline of fine-tuning large language models (LLMs) for specialized tasks such as medical question-answering!

In this session, you’ll learn how to:

  • Prepare and preprocess open-source datasets for fine-tuning.
  • Apply Parameter-Efficient Fine-Tuning (PEFT) using LoRA with NVIDIA NeMo Framework.
  • Deploy optimized LLMs using NVIDIA Triton Inference Server and TensorRT-LLM.
  • Generate a synthetic Q&A dataset using Label Studio connected to a live inference backend.
  • Fine-tune and evaluate your customized LLM for domain-specific applications.

All workflows will be executed inside a UCloud project environment with access to GPU resources.

Target audience: Machine learning practitioners, researchers, and engineers interested in LLM customization, domain adaptation, or scalable model deployment.

Technical Level: Intermediate to Advanced.

Sign up for this workshop


DeiC Interactive HPC provides researchers at Danish universities with access to a variety of AI applications on UCloud that enable them to accelerate their research through powerful and secure computational tools.

Through online workshops the DeiC Interactive HPC Consortium will introduce both new and experienced users to DeiC Interactive HPC/UCloud’s AI app portfolio.

The sessions are designed to equip researchers and students with the knowledge and skills needed to effectively harness DeiC Interactive HPC/UCloud’s AI tools for their research.

Feel free to share with colleagues and peers who might benefit. See you there!

Kategorier
Interactive HPC Supercomputing UCloud

DeiC Interactive HPC har nu 15.000 brugere

DeiC Interactive HPC-konsortiet er glade for at kunne meddele, at tjenesten, som drives af UCloud-softwaren, har nået en ny vigtig milepæl: 15.000 brugere. Det er et tydeligt tegn på den voksende interesse for tjenesten og dens vigtige rolle i at gøre digital forskning mere tilgængelig gennem brugervenlig supercomputing.

Siden starten har DeiC Interactive HPC haft fokus på at give forskere nem adgang til højtydende beregningsressourcer (HPC). Den intuitive brugerflade og de mange funktioner har ændret måden, forskere arbejder med komplekse beregninger på – og gjort HPC relevant for langt flere.

Tjenestens succes skyldes det stærke samarbejde i konsortiet bag. Sammen har vi skabt en platform, hvor forskere fra mange forskellige fagområder kan udnytte den nyeste teknologi til at fremme innovation og nye opdagelser.

Mens DeiC Interactive HPC og UCloud fortsætter med at vokse, er vi fortsat dedikerede til at udvikle tjenesten og nå endnu bredere ud. Målet er at give endnu flere forskere de rette værktøjer til at tage fat på nogle af de største videnskabelige udfordringer i vores tid.

Kategorier
Interactive HPC Supercomputing UCloud UCloud driftsstatus

New milestone as DeiC Interactive HPC reaches 6,000 users

Recently, the DeiC Interactive HPC consortium (which consists of Aarhus University, Aalborg University and the University of Southern Denmark) posted a news story about the user overload on the service. This is an issue arising from the very positive fact that the popularity of the DeiC Interactive HPC service is increasing, but it also has the unfortunate effect that some users are now experiencing longer waiting time on the machines than usual.

Needless to say, however, the DeiC Interactive HPC consortium is immensely proud of the success of the service – and now it can also announce that the UCloud platform, which is used to provide the DeiC Interactive HPC service, has passed 6,000 users. So many users on a service which has only been operational for 2,5 years is a great achievement.

“Overall, we’re seeing an increase in the number of new users at nearly all the 8 universities in Denmark. One significant factor for the past few months is that the number of users from Copenhagen University, which has not been using the facility extensively so far, is now increasing at a steady pace. This is both great news, but also a warning sign for us, as KU is a big university and we will need to be prepared to accommodate even more users in the future.”

Prof. Claudio Pica, director of the SDU eScience Center and DeiC Interactive HPC Consortium representative

Another factor, which causes significant spikes in the number of new users at the start of every semester, is the number of students who log on the service because the UCloud software is used as part of their courses.

The consortium is working hard to add more hardware to the DeiC Interactive HPC service to alleviate the current periods of overload. In the meantime, you can find a number of tips for how to avoid overload issues here.

This update was originally posted by the SDU eScience Center.

Kategorier
Interactive HPC UCloud UCloud driftsstatus

The cost of success – user overload on DeiC Interactive HPC

 

While there was never any doubt that DeiC Interactive HPC would be a success, the popularity of the HPC facility has taken the Interactive HPC consortium a little by surprise. The two-year old system reached no less than 5000 users back in December, and while every milestone is celebrated the rapid success also comes with a price. 

We’re seeing an average rise in users of 1000 each quarter and we’re very proud of the success. However, with an average utilisation of 135% of resources for containerised applications, we’re also experiencing issues with user overload recurring more and more frequently as more users join.

DeiC Interactive HPC Consortium representative, Professor Kristoffer Nielbo, Center for Humanities Computing, Aarhus University

Additional hardware would solve most of the issues but adding more hardware is a time-consuming process, and in the meantime the consortium behind Interactive HPC is working on other solutions to ensure the best user experience. 

We are currently working on making operational status available to users to allow them to see when user overload is causing issues and plan their work differently accordingly. The part of Interactive HPC running on SDU already has a solution underway, and the part of the system located at AAU will follow as soon as possible.

Professor Kristoffer Nielbo

However, users can also actively do things to avoid the user overload issues. The DeiC Interactive HPC consortium recommends that; Small users should make sure they only use the resources they need; medium users are asked to consider whether their work could be done on other HPC systems; and large users should apply for resources via the national calls.  

Applying for national resources may not fix the problem right now but by doing so researchers indicate that there is a need for additional hardware for Interactive HPC, and this can help speed up the expansion process.

Professor Kristoffer Nielbo

The consortium also recommends using the new DeiC Integration portal when it makes sense. The portal integrates multiple national HPC systems and allows for users to seamlessly shift to other facilities clearing up space for users whose only option is Interactive HPC.  

The consortium will continue work on solving any issues and ensure that necessary resources are available because there’s no doubt that interactive HPC is here to stay as a favourite HPC resource for researchers.

Kategorier
Interactive HPC Supercomputing UCloud UCloud driftsstatus Ukategoriseret

DeiC Interactive HPC reaches 4.000 users on UCloud

We’re approaching the end of the second year with DeiC Interactive HPC – and there are now 4000 users on UCloud!

During the first year with DeiC Interactive HPC, UCloud reached more than 2000 users. We’re glad that the interest in the platform has continued to grow throughout the second year.

Go to SDU eScience for full story