Kategori: Interactive HPC

Kategorier
Forskning Interactive HPC Supercomputing

UCloud og digital suverænitet i fokus under ministerbesøg

Photo: Morten Mossin

Den 27. oktober besøgte digitaliseringsminister Caroline Stage Olsen Syddansk Universitet (SDU) for at høre mere om UCloud og Interactive HPC Konsortiet.

Formålet med besøget var at vise, hvordan dansk forskning bidrager til at styrke landets digitale uafhængighed og suverænitet. Institut for Matematik og Datalogi (IMADA) og SDU eScience Center ved Det Naturvidenskabelige Fakultet havde den fornøjelse at byde ministeren velkommen til SDU.

Under besøget blev ministeren introduceret til UCloud, en open-source cloud-platform, der drives af Interactive HPC Konsortiet. Platformen blev oprindeligt udviklet på SDU og har siden 2019 været tilgængelig for alle danske forskere gennem DeiC Interactive HPC. I dag står SDU, Aarhus Universitet (AU) og Aalborg Universitet (AAU) sammen bag udviklingen og driften af platformen.

Ministeren understregede, at digital suverænitet og udvikling af cloud-baserede løsninger under dansk kontrol er vigtige politiske prioriteter:

”Det er noget, vi taler om i stigende grad – hvordan vi kan blive mere uafhængige og styrke vores kontrol over den digitale infrastruktur. Det er noget af det, jeg er her i dag for at lære mere om,” sagde digitaliseringsminister Caroline Stage Olsen under besøget. 

Photo: Morten Mossin
Photo: Morten Mossin
Photo: Morten Mossin
Photo: Morten Mossin

Brobygning mellem forskning og samfund 

UCloud fungerer som Danmarks nationale platform for Interactive high-performance computing (HPC) og er Europas mest anvendte supercomputing-platform til forskning. Med over 18.000 brugere på tværs af universiteter, offentlige myndigheder og private virksomheder er den et tydeligt eksempel på, hvordan danskudviklede løsninger kan fremme digital selvstændighed. 

”Ægte digital suverænitet kræver offentlig infrastruktur, der kan inspiceres, kontrolleres og forbedres. UCloud gør suverænitet til mere end et slogan og forvandler det til et levende, open source-fællesgode – Europas største research cloud, bygget i Danmark. Ved at investere i åbne infrastrukturer som UCloud kan vi sikre vores digitale fremtid,” sagde professor Claudio Pica, leder af SDU eScience Center. 

Photo: Morten Mossin
Photo: Morten Mossin
Photo: Morten Mossin

Et samfundsansvar 

Besøget gav også anledning til en bredere diskussion om forskningsinstitutionernes ansvar i en tid, hvor digitalisering gennemsyrer alle dele af samfundet – fra sundhedsvæsen og uddannelse til energisektor og offentlige tjenester. 

Besøget blev afsluttet med en rundvisning i SDU’s supercomputinganlæg, hvor ministeren fik præsenteret den avancerede infrastruktur, der understøtter Interactive HPC – UCloud. 

Artiklen er baseret på en original historie fra SDU’s hjemmeside

Kategorier
Interactive HPC Supercomputing

Styrket samarbejde om UClouds fremtid  

I oktober måned mødtes repræsentanter fra Center for Humanities Computing ved Aarhus Universitet, eScience Center ved Syddansk Universitet og CLAADIA ved Aalborg Universitet til en to-dages workshop fyldt med samarbejde, videndeling og udveksling af nye idéer til UCloud-platformen. 

Workshoppen samlede konsortiets tekniske eksperter, brugersupportteams og kommunikationskoordinatorer for at drøfte de næste skridt for UCloud. Målet var at afstemme strategier, se på de seneste udviklinger og sikre, at UCloud fortsat udvikler sig i takt med forskningsmiljøets behov. 

Samarbejde på tværs af universiteter 

UCloud udvikles og drives i tæt samarbejde mellem de tre universiteter, og netop derfor spiller workshops som denne en vigtig rolle i at opretholde stærk koordinering på tværs af konsortiet. Da de forskellige teams er placeret forskellige steder i landet, giver fysiske møder som dette et vigtigt rum til at styrke relationerne, ensarte indsatser og definere fælles prioriteter for platformens fremtid. 

Plenumsessioner, oplæg og parallelle workshops  

De to dage bød på en blanding af plenumsessioner, præsentationer og workshops i de forskellige arbejdsgrupper. Emnerne omhandlede alt fra brugersupport, træning og kommunikationsindsatser til teknisk udvikling og implementering af nye funktioner. Vi blev også opdateret på UClouds hastigt voksende brugerbase. 

Indsigter fra brugerne  

Et højdepunkt til workshoppen var at høre indsigter direkte fra brugerne. Her besøgte forskerne postdoc Kenneth Enevoldsen og postdoc Simon Enni os for at præsentere deres forskningsprojekter med Lex.llm og Danish Foundation Models.. De fortalte om, hvordan UCloud allerede understøtter deres forskningsarbejde, og fremhævede samtidig muligheder for at styrke platformen yderligere, så den i endnu højere grad kan understøtte forskning. 

Kenneth, som er en erfaren UCloud-bruger, fremhævede, hvordan fremtidig understøttelse af inferens på UCloud i praksis kunne hjælpe både ham og mange andre forskere. I den forbindelse henviste han specifikt til behovet for at kunne køre prætrænede store sprogmodeller (LLM’er) direkte på platformen. 

“Understøttelse af inferens på UCloud ville være utroligt frigørende for forskningen. Det ville enten give os mulighed for at undgå at bruge credits på kommercielle API-udbydere eller markant reducere den tid, der kræves for at opsætte LLM’er til at udforske mindre forskningsspørgsmål. Et bredt inferens-API ville muliggøre en mere fri eksperimenteren med modeller og dermed øge både omfanget og effekten af forskningsprojekter.” 

De fremadrettede planer  

Afslutningsvis til workshoppen udpegede vi i fællesskab en række nøgleprioriteter og definerede den fremtidige retning for platformen. Drøftelserne og de fælles beslutninger fra workshoppen kommer til at sætte retningen for den videre udvikling af UCloud. På den måde kan vi sikre, at platformen også fremover forbliver fleksibel, sikker og let at arbejde med for forskere på tværs af fagområder. 

Vi vil også fortsætte med at fokusere på at klæde brugerne godt på til at arbejde med UCloud gennem hands-on træningssessioner, der afholdes som webinarer. Under workshoppen færdiggjorde vi planlægningen af dette semesters webinarer, som finder sted på følgende datoer: 

Kategorier
Applikation Interactive HPC Supercomputing Workshop

Workshop 4/12: Byg intelligente vidensassistenter med RAGFlow på UCloud

Date: 4. december 2025
Time: 13:00 – 14:00 (CET)
Location: Online, via Zoom (Vær opmærksom på, at denne workshop foregår på engelsk)

Deltag i dette hands-on webinar, hvor vi introducerer RAGFlow – en avanceret Retrieval-Augmented Generation (RAG)-platform, der nu er tilgængelig på UCloud. Med RAGFlow kan du bygge dine egne intelligente assistenter ved at kombinere dokumenthentning, embeddings og store sprogmodeller – alt sammen i en brugervenlig, visuel grænseflade.

In this session, you will learn how to: 

  • Starte RAGFlow på UCloud – udforsk applikationsmulighederne på job-siden og lær, hvordan du konfigurerer dit workspace.
  • Navigere RAGFlow interfacet – få overblik over main dashboard, menuer og workflow struktur.
  • Opsætte embedding- og chatmodeller – vælg mellem de tilgængelige modeller og forstå deres roller i retrieval og dialoggenerering.
  • Oprette og administrere vidensbaser – upload og processér dine egne datasæt, konfigurer opsplitnings- og embeddingstrategier, og test retrieval-kvaliteten.
  • Bygge en chatassistent – forbind dine modeller og din vidensbase for at skabe en interaktiv chatbot med kontekstforståelse.
  • Designe en enkel agentisk arbejdsgang – kombiner værktøjer og trin i RAGFlows visuelle builder for at automatisere reasoning og svar.

Alle arbejdsgange demonstreres live på UCloud – fra dataindtastning til en færdig, fungerende AI-assistent. Ingen kodning kræves.

Målgruppe: Forskere, studerende og AI-interesserede brugere, der ønsker at arbejde med dokumentbaseret question answering, videnshåndtering og conversational-AI.

Teknisk niveau: Begynder til let øvet – der kræves ingen erfaring med RAG eller modelopsætning. Grundlæggende kendskab til UCloud er en fordel. Hvis du er ny på platformen, anbefales det at deltage i Getting Started with UCloud workshop den 19. november

Tilmeld dig RAGFlow på UCloud workshoppen

Om RAGFlow-applikationen:

RAGFlow er en ny applikation, der lanceres på UCloud i december. Den gør det muligt at bygge din egen smarte assistent ved hjælp af dine egne dokumenter. RAGFlow kombinerer søgning og AI til at besvare spørgsmål baseret på dit eget materiale – helt uden behov for kodning.

Nøglefunktioner: 

  • Opret din egen vidensbase
    Upload PDF’er, tekstfiler eller noter, og lad RAGFlow organisere dem for nem hentning.
  • Vælg AI-modeller
    Vælg en embeddingmodel til søgning og en chatmodel til samtale – alt direkte i applikationen. Du kan også tilføje andre modeltyper som fx reranking for bedre svarkvalitet, speech-to-text til lydinput, image-to-text til scannede dokumenter eller text-to-speech til oplæste svar.
  • Chat med dine data
    Stil spørgsmål og få kontekstbevidste svar direkte ud fra dine uploadede materialer.
  • Simpel visuel arbejdsgang
    Opsæt hvert trin gennem en let og intuitiv interface.
  • Sikker drift på UCloud
    Al data forbliver privat og behandles sikkert i UClouds beskyttede miljø.

RAGFlow er ideel for begyndere, der vil udforske, hvordan AI kan søge, opsummere og forklare deres egne forskningsdata eller undervisningsmateriale. For mere erfarne brugere tilbyder RAGFlow avancerede muligheder gennem agentiske arbejdsgange, hvor flere modeller og værktøjer kan samarbejde i sekvens.

Hold øje med opdateringer here eller i UClouds app-katalog , så du er blandt de første til at prøve RAGFlow.

Kategorier
Interactive HPC

Følg os på LinkedIn

Vi er glade for at kunne fortælle, at du nu kan følge Interactive HPC på LinkedIn.

På vores nye side kan du holde dig opdateret med de seneste nyheder fra vores verden af High-Performance Computing (HPC) – herunder use cases, kommende arrangementer, webinarer og nye applikationer på UCloud.

Følg os for at holde dig orienteret om:

  • Nye applikationer og værktøjer
  • Use cases, der viser, hvordan forskere fra alle fagområder anvender HPC i deres arbejde
  • Events og webinarer, hvor vi deler viden og best practices med UCloud-brugere

Følg os på LinkedIn

Kategorier
Applikation Interactive HPC Supercomputing UCloud

OMERO nu tilgængelig via UCloud

Et kraftfuldt værktøj til billeddatastyring i biologi og sundhedsvidenskab

DeiC Interactive HPC – UCloud Konsortiet introducerer OMERO på UCloud. OMERO er et robust open source-system til billeddatastyring, skræddersyet til biologisk forskning og sundhedsvidenskab. Systemet er designet til at håndtere store mængder mikroskopibilleder og deres tilhørende metadata og giver forskere mulighed for at lagre, organisere, visualisere og analysere billeddata med præcision og lethed.

Hvad er OMERO? 

OMERO (Open Microscopy Environment Remote Objects) er en omfattende løsning til styring af billeddata inden for biologi og sundhedsvidenskab. Uanset om du arbejder med digital patologi, cellebiologi eller andre billedintensive felter, giver OMERO et sikkert lager, der understøtter dine forskningsarbejdsgange.

”De mikroskopiske billeder, som biologer og sundhedsvidenskabsfolk typisk arbejder med, har mange pixels og kan være ekstremt tunge. Med Omero på UCloud har man ikke blot mulighed for at gemme sine billeder på UCloud, men man kan også oprette lagringsgrupper og give forskellige tilladelser. Det er ekstremt nyttigt for store projekter, hvor PI’en kan opdele billeder i mindre grupper eller projekter og se statistik over, hvordan hvert projekt skrider frem,” siger Dr. Federica Lo Verso, computational scientist ved SDU eScience Center’s forskningssupportteam. Federica har været udvikleren med ansvar for at implementere OMERO-appen på UCloud.

Centrale funktioner i OMERO 

  • Billedhåndtering
    OMERO fungerer som et sikkert lager for forskellige billeddatasæt, hvilket sikrer, at dine data er organiserede og tilgængelige fra hvor som helst.
  • Understøttelse af flere formater
    Drevet af Bio-Formats understøtter OMERO mere end 150 proprietære og open source-billedformater, hvilket gør det til et alsidigt valg for laboratorier med forskellige billedteknologier.
  • Sikkert samarbejde
    OMERO indeholder robuste tilladelseskontroller, der muliggør sikker deling og samarbejde på tværs af teams og institutioner.
  • Datavisualisering og analyse
    Indbyggede værktøjer gør det muligt for brugerne at vise, annotere og udforske billeddata interaktivt, hvilket styrker fortolkning og indsigt.
  • Publiceringsværktøjer
    OMERO.figure forenkler oprettelsen af højtkvalitetsfigurer til præsentationer og publikationer direkte fra dine billeddatasæt.
Image source

Hvorfor bruge OMERO på UCloud?

Implementeringen af OMERO på UCloud giver væsentlige fordele:

  • Skalerbare lagringsressourcer
    UCloud giver adgang til enorme og fleksible lagringsmuligheder, ideelle til de store datasæt, der er typiske i biologisk billeddannelse.
  • Egnet til følsomme data
    UClouds sikre arkitektur gør det velegnet til håndtering af følsomme eller fortrolige forskningsdata og sikrer overholdelse af databeskyttelsesregler.
  • Integreret forskningsmiljø
    OMERO på UCloud integreres problemfrit med andre værktøjer og tjenester og understøtter samarbejdende og reproducerbar forskning.
  • Tilgængelighed og ydeevne
    Med UClouds højtydende infrastruktur kan forskere få adgang til og behandle deres data effektivt fra hvor som helst.

Uanset om du administrerer terabytes af mikroskopibilleder eller forbereder figurer til din næste publikation, er OMERO på UCloud en game-changer for biologisk forskning. Begynd at udforske dets muligheder i dag og løft din datastyringsarbejdsgang til et nyt niveau.

Kategorier
Interactive HPC Supercomputing UCloud

UCloud 2025.4.0 Release

Command palette, integrated editor & terminal, hurtigere file search og en enklere Syncthing UI.
I dag udgiver vi UCloud 2025.4.0! Denne opdatering introducerer en tastaturstyret command palette, en indbygget teksteditor, en integreret terminal, en fuldstændigt fornyet file search samt en forenklet Syncthing-oplevelse.

Selvom disse nye værktøjer er de mest synlige ændringer for brugerne, er de også en del af en bredere, langsigtet indsats for at forfine UClouds fundament.

“Softwareudviklingen på UCloud startede tilbage i 2017. Siden da har vi foretaget mange arkitektoniske og designmæssige ændringer. Denne udvikling har uundgåeligt ført til en ophobning af inkonsistenser og ineffektivitet. Med vores nu langt klarere forståelse af målet end i 2017 er ambitionen at forenkle den interne kodestruktur og fjerne gammel legacy code for at sikre stabilitet, ydeevne og hurtigere udvikling af servicen.”

Dan Sebastian Thrane, Senior Software Architect for Research Infrastructure

Med den kontekst in mente får du her et nærmere kig på, hvad der er nyt i UCloud 2025.4.0.

Navigation og genveje

Vi har tilføjet en hurtig måde at bevæge sig rundt i UCloud uden at forlade tastaturet.

  • Keyboard-first workflow: Brug det til at få adgang til genveje til almindelige handlinger, hoppe til dine favoritapplikationer eller hurtigt skifte projekt.
  • Command palette: Åbn palette med Ctrl+P på Windows/Linux eller Cmd+P på macOS.

Filer og søgning

Det er nu meget hurtigere og mere pålideligt at finde ting – og du kan redigere tekstfiler direkte i UCloud uden at skulle starte et job.

  • Fornyet file search: File search er blevet fuldstændigt genopbygget og er nu markant hurtigere. Dette kræver, at dine filer er indekseret. Indeksering kan tage op til 24 timer efter, at filen er oprettet.
  • Edit-in-place: Dobbeltklik på en tekstfil i file browser for at åbne den i den nye integrerede editor.
  • Syntax highlighting: Editor’en understøtter grundlæggende syntax highlighting.
  • Tabs & file tree: Arbejd på tværs af flere faner, og brug sidebar til hurtigt at navigere i dit projekts file tree.

Integreret terminal

En letvægts-terminal er nu tilgængelig på tværs af Kubernetes-baserede serviceudbydere.

  • Auto-shutdown: Sessioner lukker automatisk ned, når de er inaktive. (Bruges ikke til langvarige eller baggrundsopgaver.)
  • Tilgængelighed: Den integrerede terminal er nu tilgængelig på SDU/K8s-udbyderen. Den fungerer på samme måde som terminalen, der blev udgivet sidste år til SDU/Hippo-udbyderen. Du kan åbne en terminal i enhver mappe via knappen “Open terminal”.
  • Til små opgaver: Ideel til hurtige redigeringer og kørsel af almindelige værktøjer.
  • Ressourcebegrænsninger: Terminalen har begrænsede CPU- og hukommelsesressourcer og er ikke beregnet til at køre jobs.

Jobs og Syncthing

Nye real-time målinger er blevet tilføjet til jobs, og Syncthing er gjort nemmere at forstå og bruge.

  • Forenklet interface: En renere og mere brugervenlig Syncthing UI til håndtering af synkronisering.
  • Real-time job metrics: Du kan nu overvåge real-time målinger af CPU-, hukommelses- og GPU-forbrug direkte fra job view.

Forbedret dataoverførsel

Integrationsmodulet har fået en stor opgradering af upload-protokollen.

  • Denne protokol bruges både af slutbrugere og mellem tjenesteudbydere.
  • Dataoverførsel mellem SDU- og AAU-udbyderen er nu meget nemmere og hurtigere.
  • Upload-protokollen er intelligent og forsøger at undgå at sende filer, der allerede findes. Den udnytter også flere TCP-strømme og tråde for at maksimere ydeevnen.

Som altid kan du besøge UClouds dokumentation på https://docs.cloud.sdu.dk for mere information.

Kategorier
Interactive HPC Vejledning Webinarer og vejledninger - video

Webinaroptagelse: Transcribing and editing audio transcriptions with Transcriber and Speech Analyzer apps

In this video we will guide you through the complete pipeline of transcribing audio files from speech to text and editing and classifying transcription segments.

In this session, you’ll learn how to:

  • Use Transcriber for transcribing audio/video files. Transcriber is based on Open AI’s Whisper language model. The app can transcribe speech audio to text in various formats and uses the WhisperX package to perform speaker recognition.
  • Navigate the new, simple, drag and drop Transcriber user interface to make it easier for you to use AI to transcribe audio files.
  • Edit and classify the transcriptions with Speech Analyzer. Speech Analyzer is an application built on top of Label Studio, specifically optimized for dialogue analysis. It enables you to label, edit, and annotate transcriptions generated using Transcriber.
  • Perform a comprehensive dialogue analysis on UCloud involving transcribing audio files using Transcriber, followed by transcription analysis with Speech Analyzer.

All workflows will be executed inside a UCloud project environment with access to GPU resources.

Target audience: Researchers across all Departments, particularly Digital Humanities and Social Science, Students, AI interested.

Kategorier
Interactive HPC Supercomputing UCloud Vejledning Webinarer og vejledninger - video Workshop

Webinaroptagelse: Fine-Tuning and Deploying  Large Language Models

In this video we will guide you through the complete pipeline of fine-tuning large language models (LLMs) for specialised tasks such as medical question-answering using NeMo Framework and Triton Inference Server.

  • Prepare and preprocess open-source datasets for fine-tuning.
  • Apply Parameter-Efficient Fine-Tuning (PEFT) using LoRA with NVIDIA NeMo Framework.
  • Deploy optimised LLMs using NVIDIA Triton Inference Server and TensorRT-LLM.
  • Generate a synthetic Q&A dataset using Label Studio connected to a live inference backend.
  • Fine-tune and evaluate your customised LLM for domain-specific applications.

All workflows will be executed inside a UCloud project environment with access to GPU resources.

Target audience: Machine learning practitioners, researchers, and engineers interested in LLM customisation, domain adaptation, or scalable model deployment.

Technical Level: Intermediate to Advanced.

Notebooks: https://github.com/emolinaro/ucloud-workshop-28-05-2025

Kategorier
Applikation Interactive HPC Supercomputing Undervisning Vejledning Webinarer og vejledninger - video

Webinaroptagelse: UCloud courses hands-on

In this video we will go through the process of developing a course on UCloud, using UCloud Courses – a tool for hosting and managing university courses on UCloud. Wnt to know more about this new feature, check out our webinar recording introducing UCloud Courses.

Introduction

00:00 – Outline of the workshop agenda
03:10 – Introduction to the UCloud Courses concept
04:23 – Advantages of using UCloud Courses
05:56 – Outline of the steps involved in developing a UCloud Course
09:54 – Requesting and planning a UCloud Course
10:20 – Example of the planning and structuring of an existing UCloud Course

Developing a UCloud Course step by step

Setting up the environment
15:53 – Preliminary remarks
17:15 – Showing the existing UCloud Course that will be re-developed in the workshop
18:02 – Showing the UCloud-Courses GitHub repository
18:40 – Software requirements and -recommendations
20:22 – Short introduction to Git and GitHub
24:27 – Cloning the repository
25:15 – Creating a working branch
26:12 – What should go in the UCloud-Courses repository and what shouldn’t
27:24 – Installing the required dependencies

Creating a new UCloud Course and modifying the templates
28:00 – Creating a UCloud Course using a prepared script
30:31 – Walk-through of the different auto-generated files/folders in the course folder
33:35 – Short introduction to Docker
38:15 – Modifying the Dockerfile
42:32 – What should go in the UCloud-Courses repository and what shouldn’t
45:28 – Building the Docker image locally using a prepared script
47:54 – Modifying the starting script
01:00:50 – What can, shouldn’t, and mustn’t be changed while the course is running

Building and testing the course locally
01:05:00 – Re-building the Docker image locally using a prepared script
01:05:25 – Running a Docker container locally using a prepared script
01:10:58 – Opening the JupyterLab interface on localhost

Finalising the course app
01:12:48 – Opening a pull request and requesting code review
01:19:44 – Testing the course app on UCloud before it’s deployed

Closing remarks

01:25:44 – Reusing/updating an existing UCloud course
01:28:19 – The financial model in brief
01:29:38 – Useful links and resources

UCloud-Courses GitHub repository:
https://github.com/SDU-eScience/UCloud-Courses

README in the UCloud-Courses GitHub repository:
https://github.com/SDU-eScience/UCloud-Courses/blob/main/README.md

Wiki page in the UCloud-Courses GitHub repository:
https://github.com/SDU-eScience/UCloud-Courses/wiki

The UCloud course app redeveloped in the workshop (UCloud login required):
https://cloud.sdu.dk/app/jobs/create?app=nlp-demo-course_147222U005

eScience Servicedesk (point of first contact):
https://support.escience.sdu.dk/

Kategorier
Applikation Interactive HPC

Ny app: AlphaFold 3 – et banebrydende værktøj til forudsigelse af proteinstruktur

AlphaFold 3, den nye AI-model udviklet af Google DeepMind og Isomorphic Labs, kan forudsige strukturerne af komplekser dannet af forskellige biomolekyler, herunder protein-DNA-, protein-RNA- og protein-ligand-interaktioner.

AlphaFold 3-implementeringen på Interactive HPC – UCloud er optimeret til brug med GPU’er og inkluderer de nødvendige genetiske (sekvens-) databaser for proteiner og RNA til at køre analysen.

Ud over Batch Mode findes der yderligere versioner af app’en – Lab Mode og Visualization Mode – som henholdsvis gør det muligt at bruge softwaren i et JupyterLab-miljø og at visualisere proteinstrukturer opnået med AlphaFold 3.

AlphaFold 3 er implementeret på Interactive HPC – UCloud for at understøtte specifikke typer arbejde, f.eks. præcis strukturforudsigelse og modellering, og er klar til brug for alle brugere af Interactive HPC – UCloud.

Du kan finde flere oplysninger i UCloud dokumentationen.